羧肽酶是由307個氨基酸殘基組成的單鏈蛋白質(zhì),能依次從多肽鏈羧基端水解氨基酸殘基。通過酶-底物類似物((-)-2-芐基-3-(P-甲氧苯甲酰)丙酸)的X-射線晶體學分析和動力學研究,認為其活性部位有三個基本催化基團Zn2+、Arg127和Gtu270。
與Zn2+配位,穩(wěn)定Zn2+,在Zn2+附近形成結(jié)合底物的疏水口袋。