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在離子色譜分析中，若水負峰的保留時間與待測離子的保留時間相同或接近時，就會產(chǎn)生干擾。
離子色譜法測定無機陰離子時，不被色譜柱保留或弱保留的陰離子干擾F-和Cl-測定時，用強淋洗液進行洗脫。
《環(huán)境空氣和廢氣 氯化氫的測定 離子色譜法》（HJ 549-2016）規(guī)定，測定氯化氫所配的試劑均貯存于玻璃瓶中。
采用《固定污染源廢氣 硫酸霧的測定 離子色譜法》（HJ 544-2016）測定固定污染源廢氣中的硫酸霧時，采樣使用的石英纖維濾筒無需前處理。
采用《環(huán)境空氣和廢氣 氯化氫的測定 離子色譜法》（HJ 549-2016）測定環(huán)境空氣中氯化氫時，將微孔濾膜裝在濾膜夾內(nèi)，后面串聯(lián)兩支各裝10ml吸收液的大型氣泡吸收管，用空氣采樣器進行采樣。
《環(huán)境空氣和廢氣 氯化氫的測定 離子色譜法》（HJ 549-2016）測定的氯化氫指以氣態(tài)或霧滴形式存在的氯化氫氣體。
《環(huán)境空氣 顆粒物中水溶性陰離子（F-、Cl-、Br-、NO-2、NO-3、PO3-4、SO2-3、SO2-4）的測定 離子色譜法》（HJ 799-2016）的樣品運輸和保存規(guī)定，環(huán)境空氣降塵樣品置于樣品瓶中，在干燥器內(nèi)保存。
采用《固定污染源廢氣 硫酸霧的測定 離子色譜法》（HJ 544-2016）測定固定污染源廢氣中的硫酸霧時，采樣使用的濾筒對粒徑大于0.3μm的顆粒物阻隔效率不低于99.9%。
采用《環(huán)境空氣 顆粒物中水溶性陰離子（F-、Cl-、Br-、NO-2、NO-3、PO3-4、SO2-3、SO2-4）的測定 離子色譜法》（HJ 799-2016）測定環(huán)境空氣顆粒物中水溶性陰離子時，若空白濾膜中待測離子含量高出方法檢出限時應(yīng)棄去不要，重新取一張濾膜分析。
《水質(zhì) 磷酸鹽的測定 離子色譜法》（HJ 669-2013）適用于地表水、地下水和降水中總磷酸鹽的測定。