2008年7月10日，順達(dá)市國稅稽查局接到群眾舉報，江州三葉商貿(mào)有限公司存在嚴(yán)重的稅收問題?；榫钟?月11日立案，并于7月12日開始對該公司進(jìn)行檢查。經(jīng)過一個多月的檢查，發(fā)現(xiàn)該公司確實(shí)存在稅收問題，公司的法定代表人以及財物負(fù)責(zé)人都承認(rèn)了違法事實(shí)。以下為檢查的基本情況：
一、公司的基本情況江州三葉商貿(mào)有限公司主要從事商品零售業(yè)務(wù)，系增值稅一般納稅人，非小型微利企業(yè)。會計(jì)核算采用《企業(yè)會計(jì)準(zhǔn)則》，庫存商品采用售價核算。
二、檢查取得的相關(guān)稽查資料庫存商品明細(xì)賬、商品進(jìn)銷差價明細(xì)賬、主營業(yè)務(wù)收入明細(xì)賬、主營業(yè)務(wù)成本明細(xì)賬（資料1-1，資料1-2；資料1-3，資料1-4），固定資產(chǎn)明細(xì)賬、累計(jì)折舊明細(xì)賬、固定資產(chǎn)清理明細(xì)賬（資料2-1，資料2-2；資料2-3，資料2-4，資料2-5，資料2-6）。相關(guān)記賬憑證（資料3-1，資料3-2；資料3-3，資料3-4，資料4-1，資料4-2；資料4-3，資料4-4，資料4-5）。
三、根據(jù)資料所給三葉商貿(mào)有限公司2008年1月的庫存商品明細(xì)賬、商品進(jìn)銷差價明細(xì)賬、主營業(yè)務(wù)收入明細(xì)賬、主營業(yè)務(wù)成本明細(xì)賬，2008年全年的固定資產(chǎn)、累計(jì)折舊、固定資產(chǎn)清理明細(xì)賬及相關(guān)記賬憑證，分析、計(jì)算、回答下列問題：