在瓊脂糖凝膠電泳中，DNA分子帶負(fù)電荷，來源于其磷酸骨架。因電荷密度均一，DNA分子所帶電荷與分子量成正比。

泡沫分離過程中，高速攪拌表面活性劑溶液制備的泡沫尺寸更小、穩(wěn)定性更強(qiáng)，分離效果更好。

SDS-PAGE電泳出現(xiàn)“皺眉’現(xiàn)象，說明垂直電泳槽的裝置不合適引起的，特別是當(dāng)凝膠和玻璃板組成的“三明治”底部有氣泡或靠近隔片的凝膠聚合不完全時容易出現(xiàn)該現(xiàn)象。

泡沫層中小氣泡的內(nèi)壓高于大氣泡，因此，小氣泡中的氣體會通過液膜向與其相鄰的大氣泡中擴(kuò)散，導(dǎo)致大氣泡更大，小氣泡更小，直至消失。

SDS-PAGE的緩沖系統(tǒng)的選擇較簡單，只要利于分離并保持蛋白質(zhì)的穩(wěn)定以及不與SDS發(fā)生相互作用即可。